Dr. phil. Thomas Stöckli war 1995 bis 2021 Leiter der Akademie für anthroposophische Pädagogik und ist weiterhin dort als Dozent und beratend für die Lehrerbildung tätig. Seit 1999 betreut er internationale Forschungsprojekte auf der Grundlage der Praxisforschung. In diesem Kontext gründete er das Institut für Praxisforschung, in dem er mit einem Team von wissenschaftlichen Mitarbeitern tätig ist.

Er hat 1992 die ROJ Mittelschulen Regio Jurasüdfuss mitbegründet, an welcher er bis 2015 als Mittelschullehrer (Deutsch, Englisch, Philosophie) und als Koordinator in der Schulleitung tätig war. Für die University of Plymouth (UK) war er von 2004 bis 2008 als Koordinator der MA-Studiengänge in der Schweiz sowie beim Aufbau von MA-Studiengängen für die Universität in der Schweiz und in Deutschland tätig. Zusätzlich betreute er im Rahmen des Europäischen Integrierten Masters Programme EIMP der Universität Plymouth eine Vielzahl von Studierenden als Tutor. Darüber hinaus war er seit 2002 externer Prüfungsexperte unter anderem an der Pädagogischen Hochschule/Fachhochschule Nordwestschweiz. Des Weiteren nimmt er verschiedene Beratungsmandate wahr, so zum Beispiel seit 1991 für die Rudolf Steiner Schulen in der Schweiz.

Thomas Stöckli ist seit 1991 Mitglied des Fachjournalisten-Verbands SFJ (Fachjournalist für Pädagogik) und hat verschiedene Artikel in Fachzeitschriften und diverse Bücher zum Thema Jugendpädagogik und Lebensfragen veröffentlicht. Im Rahmen seines Dissertationsvorhabens an der Technischen Universität Berlin bearbeitete Thomas Stöckli auf wissenschaftlicher Basis das Thema "Lebenslernen - Eine Antwort auf die Bedürfnisse heutiger Jugendlicher", wo er im Mai 2011 promovierte.

Thomas Stöckli ist seit 1979 verheiratet mit Laura Stöckli-Rains (siehe Foto) und Vater dreier Kinder. Beide setzen sich gemeinsam für das Umweltprojekt "Bellacher Weiher" ein.